北京市昌平区中医医院始建于1984年的昌平县中医门诊部，于1992年12月26日正式建院。建院以来，医院靠科学管理治院，以改革统揽全局，以不断创新求发展，确定了“ 以病人为中心，以质量为核心，以特色为优势 ”的办院方针，走科技兴院之路。全院干部职工同心同德，积极进取，锐意改革，使医院的医、教、研、防各项工作均得到了全面发展和提高。1995 年6月被联合国基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”；同年10月，被国家中医药管理局评为“ 二级甲等中医医院”。现已成为昌平地区集中医医疗、教学、科研、防保、康复为一体的综合性中医医院。 
　　北京市昌平区中医医院占地面积30.5亩，建筑面积21271 平方米，资产总计过亿元，其中专业设备8279万元。现有职工620人，其中卫生技术人员占全院职工总数的81%，高级职称60人，中级职称 160人，初级职称 296人。年门急诊量 71.8万人次，开设病床285 张，年住院人次8128人次，年手术2100余台，平均床位使用率为89.2%。2011年业务收入3.24亿元。医院设有内、外、妇、儿等 22 个临床科室，病区10个，国家级重点中医专科2个，市级重点中医专科 2 个，院级重点中医专科 2个，医技科室8 个，分院2个。
　　北京市昌平区中医医院在取得“爱婴医院”和“二级甲等中医医院 ”称号后，加大管理改革力度，全面突出以内涵建设为中心，推出“六新”管理改革机制： 即培养引进高新技术人才、开展新技术、扩大新病源、推出新机制、增加新设备、实行全新优质服务。
　　近年来，北京市昌平区中医医院坚持科技兴医、科教兴院的战略，获得区、局科技进步奖16项。截止2011年底，在国家级和省市级刊物上发表学术论文376 篇。获市级科研立项课题4项，北京中医药大学东直门医院课题1项；区级科研立项课题17项，联合开展不同级别的立项课题10余项。
北京市昌平区中医医院先后引进了永磁型核磁共振、64排螺旋CT、高档彩色多普勒超声诊断仪、数字化乳腺机、全自动生化分析仪（AU640）、数字化影像处理系统、放免仪、免疫发光仪、R-50X光机、麻醉机、监护仪、血液透析滤过机、血透机、主动脉球囊反搏泵、电子胃肠镜、腹腔镜、阴道镜、关节镜及重症监护设备等大型医疗设备，使医院诊断治疗水平得到了长足发展。
　　北京市昌平区中医医院将一如既往的遵循北京市昌平区中医医院“仁爱、敬业、继承、创新”的医院精神以及“以人为本，服务为先，患者至上”的经营理念，继续追求“技术上精益求精，服务上至善至美，信用上真诚可靠”的公众形象，使中医医院真正成为人民满意和人民信得过的医院。