新疆维吾尔自治区肿瘤医院暨新疆医科大学附属肿瘤医院、新疆医科大学第三附属医院、新疆医科大学第三临床医学院成立于1989年12月，是自治区唯一一所集医疗、教学、科研、预防和继续医学教育为一体的三级甲等肿瘤专科医院。新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所、自治区肿瘤防治办公室、自治区抗癌协会、自治区放射治疗质量控制中心等机构挂靠在我院。
　　经过近20年的建设和发展，医院现占地9.5万平方米，建筑总面积达15.79万平万米，固定资产5亿余元。设置30个临床科室，16个医技检查科室，28个职能科室。医院现开放床位1400张，年门诊量近10万人次,年收治病人24000余人次，年手术11000余例。医院现有职工1200余人，专业技术人员1029人，其中高级专业技术人员120余人，中级160余人，享受国务院特殊津贴专家3人，卫生部有突出贡献中青年专家1人，自治区优秀专家3人。医院为新疆医科大学肿瘤专科硕士研究生学位授权点,目前有博士研究生导师4人，硕士研究生导师38人。每年承担新疆医科大学本科教学任务及研究生的培养工作。在院研究生200余人，目前正在积极申报肿瘤学博士点和国家药物临床试验基地。
　　医院在全面提高医疗技术水平的同时，重点强化学科建设，坚持“大专科、小综合”的学科发展思路，打造优势学科、品牌学科，着力培育具有我院特色的学科体系，逐步形成了“外科是龙头、放疗是特色、内科是基础、病理是保障、辅助检查是支撑”的学科发展局面。
　　医院现设有肿瘤外科专业十一个：分别是神经肿瘤外科、头颈肿瘤外科、甲状腺肿瘤外科、乳腺肿瘤外科、胸部肿瘤外科（肺与纵隔病区、食道与贲门病区）、胃肠肿瘤外科（胃与后腹膜病区、肠病区）、肝胆胰肿瘤外科、泌尿肿瘤外科、骨与软组织肿瘤外科、妇科肿瘤外科、肿瘤介入治疗科；肿瘤内科专业四个：肺癌肿瘤化疗科；泌尿、生殖及不明原因转移癌化疗科；淋巴瘤、血液及乳腺癌肿瘤化疗科；消化肿瘤化疗科。肿瘤放射治疗专业四个:头颈部肿瘤放疗科、胸腹部肿瘤放疗科、乳腺肿瘤放疗科、妇科肿瘤放疗科。医院还开设有中西医结合科。医院医技科室设有病理诊断中心、临床检验中心（内设临检室、生化室、细菌室、免疫室、艾滋病初筛实验室）、放射治疗中心、内窥镜诊断中心、影像诊断中心（放射诊断科、CT室、磁共振室、B超诊断科、核医学科）、心肺功能科、输血科等。医院综合医疗科可开展各种常见病、心血管病、中老年病、内分泌、神经系统等疾病的诊治。急诊科还可开展各种急危重症的抢救与诊治。
　　2001年4月我院与香港著名爱国人士李嘉诚先生达成协议，由李嘉诚先生出资捐助建立新疆医科大学附属肿瘤医院宁养院，在全国宁养基金会每年投入100万元的基础上，医院每年配套资金20万元，六年来为全疆3500余位各族贫困晚期癌症患者免费提供上门诊疗、心理咨询等服务，医院还组成了由青年医护人员为主体、社会志愿者积极参与的宁养义工队伍和抗癌之家。