9月16日，浙江大学秦楠研究员、李兰娟院士及法国农业科学院Dusko Ehrlich教授在Nature杂志上撰文答同行学术质疑，与弗吉尼亚州立联邦大学及McGuire医学中心的Jasmohan S. Bajaj及Patrick M. Gillevet教授之间展开了激烈的学术碰撞。争论的焦点为去年7 月24 日，原作者在Nature上发表的"Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis"一文，该研究通过定量宏基因组的方法揭示了肠道菌群与肝硬化的秘密，给全球医学科技研究提供新思路。

　　现代医学根据肝硬化疾病的严重程度将其分为代偿患者(Compensated Patient， CP) 及失代偿患者 (Decompensated， DP，是肝硬化非常严重或晚期的病人)。原Nature论文中对失代偿患者的肠道菌群进行了定量宏基因组检测(实验组中存在65%的失代偿患者，验证组中存在76%的失代偿患者)。基于这种实验分组，Bajaj教授对"基于肠道菌群进行肝硬化诊断方法"的可靠性提出了质疑，而且，Bajaj教授认为：对于失代偿患者的诊断来说，临床上一些简单便宜的方法就能判断，不需要通过复杂的定量宏基因组方法获得标记物(15 个高特异性和灵敏性的微生物基因)。