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单细胞RNA测序新技术---滴辅助RNA靶向单细胞测序
时间:2018-12-24 14:00:36  作者:微微  来源:生物通
来自美国纽约州伊萨卡康奈尔大学生物医学工程学助理教授Iwijn De Vlaminck课题组研究出一项新的单细胞RNA测序技术。
  近日,来自美国纽约州伊萨卡康奈尔大学生物医学工程学助理教授Iwijn De Vlaminck课题组研究出一项新的单细胞RNA测序技术。比之前的微流控技术,该项技术拥有捕捉信息更全面、投入成本更低的优势。目前,该项研究已经发表于国际顶尖医疗杂志《Nature Methods》上,De Vlaminck实验室的博后研究员Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是这篇文章的主要作者。
  2015年,来自哈佛大学和麻省理工学院的研究人员开发了Drop-seq,一种使用纳米级液滴,并向每个细胞的RNA附加唯一的识别符号,同时且有效表征数千细胞特性的方法,而且非常便宜,对许多实验室来说可以很容易实现。
  “现在这项技术非常流行,因为它降低了这类分析的成本,”De Vlaminck说。然而,缺点是它们只能识别某种信使RNA(mRNA),限制了其他潜在分析范围。
  De Vlaminck等人提出了一个简单、廉价的改进方法,他们将其命名为:液滴辅助RNA靶向单细胞测序 (droplet-assisted RNA targeting by single-cell sequencing,DART-seq)。
  Drop-seq将每个细胞封装在启动细胞mRNA逆转录的标记微粒中,DART-seq的改进之处在于,在Drop-seq常规分析之前,采用酶法定制空心珠,从而回收和分析更多种类分子。
  此外,该技术能够区分病毒感染细胞,并定量病毒和宿主基因表达,从而能够轻而易举地在单细胞水平上检查宿主对病毒感染的反应。
  “单株病毒极具多样性,正因如此,它们可以做许多不一般的事,”Burnham说。“如果你能缩小到单细胞水平,你就可以看到病毒微小变化是如何导致细胞应答的巨大差异。”
  Saikia认为DART-seq对癌症治疗可以提供许多有益信息。“癌细胞是非常异质性的,”她说。“如果你不从单细胞水平观察它们,你就会错过重要信息,所以我们才需要有更锋利的工具。”
  滴辅助RNA靶向单细胞测序的成功研究,不仅推动了单细胞基因组学发展,更是为感染和免疫生物学研究提供了一条新途径。
关键字:单细胞RNA测序技术
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