脐带血造血干细胞和脐带间充质干细胞功能和用途有所不同，前者能分化成各种血细胞，主要用于治疗血液和免疫系统疾病，而后者本身不造血，但可提供良好的造血细胞生长的微环境。最近科学研究证明，采用脐带间充质干细胞和脐带血造血干细胞共同移植的方法，能明显改善和加快造血系统和免疫系统的重建，显著提高血液病治疗效果。

    间充质干细胞可抑制造血干细胞移植后的免疫排斥（造血干细胞移植中对生命最大的威胁之一），提高移植成活率及病人生存质量。目前间充质干细胞在临床上已经被成功的用来防治造血干细胞移植后和器官移植后的免疫排斥反应。